Majlis Agama Islam Negeri Pulau Pinang (MAINPP) ditubuhkan menurut kuasa Seksyen 4 Undang-Undang Pentadbiran Agama Islam Tahun 1959 (Pindaan 2004) bagi menasihati Yang di-Pertuan Agong dalam perkara berkaitan dengan agama Islam. Pentadbiran wakaf sebelum wujudnya MAINPP ditadbir oleh Hindu And Muslim Endowment Board 1901 manakala MAINPP hanya mewujudkan bahagian-bahagian secara khusus bagi mengawal selia hal ehwal pentadbiran pada akhir tahun 80-an.

Di bawah struktur organisasi MAINPP, unit wakaf berada setaraf dengan unit pentadbiran dan kewangan, sumber am, undang-undang, pembangunan, pelaburan dan akaun. Manakala struktur dalaman unit wakaf hanya terdiri daripada ketua bahagian wakaf yang mengurus wakaf secara keseluruhan, dibantu penolong tadbir pengurusan tanah, asset dan hal ehwal ekonomi. Majlis Agama Islam Pulau Pinang (MAIPP) telah menubuhkan anak syarikatnya iaitu Wakaf Pulau Pinang Sdn. Bhd. bagi menguruskan hartanah Wakaf di bawah pentadbiran MAINPP.